অনেক সময় জমির ফসল এবং গুদামের সঞ্চিত খাদ্যশস্য নানান ক্ষতিকারক প্রাণীদের আক্রমণ থেকে রক্ষা করার জন্য অনেক রকম কীটনাশক ব্যবহার করার প্রয়োজন হয়।যেহেতু এই পদার্থগুলি বিষাক্ত, তাই এরা পেস্টের ক্ষতি করার সঙ্গে সঙ্গে মানুষের এবং অন্যান্য উপকারী প্রাণী ও উদ্ভিদেরও অনেক ক্ষতি করে। বেশি কীটনাশক প্রয়োগ করার ফলে উল্লেখযোগ্য যেসব ক্ষতি হয়, তা হল :

(১) টক্সাকিন, ডি. ডি. টি, বি. এইচ. সি ইত্যাদি কীটনাশকের প্রয়োগে ফসলের শত্ৰু পোকাদের সঙ্গে সঙ্গে বন্ধু পোকারাও মারা পড়ে। এতে শস্যের ক্ষতি হয়।

(২) জমিতে অত্যধিক প্রয়োগ করা সার ও কীটনাশকের রাসায়নিক পদার্থ মাটি থেকে বাহিত হয়ে জলাশয়ে মিশে জল দূষণ ঘটায় এবং জলজ প্রাণীদের দেহে বিষের মাত্রা বাড়ায়।

(৩) বিষাক্ত রাসায়নিক হাঁস-মুরগির দেহে প্রবেশ করলে ডিমে ক্যালসিয়ামের পরিমাণ কমে যায়।

(৪) অতিরিক্ত কীটনাশক ব্যবহারে ক্ষতিকর কীটপতঙ্গের শরীরে ধীরে ধীরে প্রতিরোধ ক্ষমতা গড়ে ওঠে। ফলে আর কীটনাশকে তেমন সুফল পাওয়া যায় না অর্থাৎ শত্রু পোকাদের নিয়ন্ত্রণ করা যায় না।

(৫) কীটনাশকের কুফল মানুষের শরীরের উপরও পড়ে। শাক-সব্‌জি ইত্যাদির মাধ্যমে মানুষের শরীরে মাত্রাতিরিক্ত কীটনাশক জমা হলে স্নায়ু দুর্বল হয়। এর ফলে ফুসফুস ও পাকস্থলির অসুখ এমনকি ক্যানসার পর্যন্ত হতে পারে।

এইসব কারণে বিভিন্ন উন্নত দেশগুলিতে ডি.ডি.টি, গ্যামাকসিন ইত্যাদি কীটনাশকের ব্যবহার নিষিদ্ধ করা হয়েছে এবং অন্যান্য আরও কয়েক রকমের কীটনাশক ব্যবহারের উপর বিধিনিষেধ আরোপ করা হয়েছে।